لقد وقع جدل كبير فيما يخص نسب ابن خلدون فالعرب ينسبونه إليهم ودليلهم الوحيد أنه أشار في كتابه أنه من حضرموت ومع ذلك فإن سوسة التونسية
كانت تسمى أيضا حضرموت.
حسب رأي الخاص أرى أن هذه الكلمة مندسة كونها لا تطابق أقواله . لانه أشار بعد دلك في نفس المقدمة أنه ينتسب للأمازيغ و في مقدمته عرى العرب و وصفهم بجميع المواصفات الشنيعة لا داع لذكرها حتى لا أتهم بالعنصرية ، كما أنه بين أن لم يخرج علماء من العرب وهو من كبار العلماء ولا يمكنني كتابة المقولة تجنبا للإساءة، أما قولته الشهيرة إدا عربتم خربتم فهي أكبر دليل على أنه من عائلة أمازيغية و عليكم الرجوع لطه حسين فقد شرح الموضوع مفصل في كتاب له أما اسم خلدون فهو نفس الإسم الأمازيغي المشهور و المنتشر بكترة جلدون). و بما أنه ولد في الأندلس فنعلم جيدا أن في دلك المكان من العالم ينطقون الجيم خاء).).
يمكن أن نلاحظ أن هناك تشابه بين اسم خلدون واسم امازيغي قديم "جيلدو"،أو جيلدون فهذا الأسم كان منتشرا في الطبقة الأرستوقراطية الأمازيغية، وقد حفظ لنا التاريخ قائد أمازيغي اسمه جيلدون قاوم الإحتلال الروماني396م.
طه حسين:
يتطرق الأستاذ طه حسين في كتابه "فلسفة ابن خلدون الاجتماعية " (ترجمه للعربية: محمد عبد الله عنان) إلى نسب ابن خلدون في بداية الكتاب فيذكر أن ابن خلدون نفسه شكك في سلسلة النسب التي ذكرها، حيث رأى أن المدة التي حل فيها جده الأول بالأندلس يجب أن تغطي ضعف السلسلة التي ذكرها، بحيث يقول حرفيا "لا أذكر من نسبي إلى خلدون غير هؤلاء العشرة ويغلب على الظن أنهم أكثر وأنه سقط مثلهم عدداً لأن خلدون هذا هو الداخل إلى الأندلس فإن كان أول الفتح فالمدة لهذا العهد سبعمائة سنة فيكونون زهاء العشرين ثلاثة لكل مائة كما تقدم في أول الكتاب الأول". ليضيف طه حسين بدوره "وإذا كان المؤلف يشك في صحة ذلك النسب فأولى لنا نحن أن نشك في انتساب أول خلدون إلى وائل".
مترجم كتاب طه حسين: محمد عبدالله عنان
يعتبر هذا المؤرخ مشككا في أصل ابن خلدون العربي ويعتبره أمازيغيا حيث قال "? ينتمي -أي ابن خلدون- في الواقع إلى ذلك الشعب البربري الذي افتتح العرب بلاده بعد مقاومة عنيفة وفرضوا عليه دينهم ولغتهم، واضطره بعد طول النضال والمقاومة والانتقاض أن يندمج أخيراً في الكتلة الإسلامية، وأن يخضع راغماً لرئاسة العرب في افريقية واسبانيا حتى تحين الفرصة لتحرره ونهوضه
